Nous sommes en 2065. La terre est infestée d'esprits extra-terrestres et l'humanité est menacée d'extinction. Guidée par un rêve étrange et par les conseils du Dr. Sid, son mentor, la scientifique Aki Ross tente de réunir les huit esprits susceptibles de libérer une force suffisamment pure et puissante pour éradiquer toute présence extra-terrestre et protéger la planète.