Un jeune prêtre, le père Tomas Ortega, voit sa vie chambouler quand Angela Rance, une de ses paroissiennes, lui demande de venir chez elle car elle suspecte une présence maléfique dans sa maison. Une présence qui semble contaminer sa fille Casey, qui adopte un comportement étrange. Le père Tomas va avoir recours au père Marcus Keane, un spécialiste de l'exorcisme...
Après avoir passé un an dans l'espace, où elle a vécu une expérience intense, l'astronaute Molly Woods tente de reprendre une vie normale auprès de sa famille composée de son mari, John, un scientifique surdoué, et Ethan, leur fils, un petit garçon pas comme les autres. En effet, celui-ci n'est pas le fruit naturel de leur union, vu que Molly est stérile : il a été conçu par son père comme le premier prototype d'une future lignée de "Humanichs", des "robots humains". Mais le retour de Molly...
L'agent Dana Scully est mutée au bureau des affaires non classés afin d'enquêter sur l'agent Fox Mulder et sur la pertinence de garder ouvert ce service du FBI, service spécialisé dans les affaires relevant du paranormal. Scully, cartésienne en puissance, va voir ses convictions mises à mal lors des nombreuses enquêtes qu'elle va mener avec Mulder et découvrir que le gouvernement nous cache bien des choses...
Suite à la fermeture du bureau des affaires non classées, Mulder est relégué à faire de l'écoute téléphonique pendant que Scully donne des cours de médecine légale. Les deux agents se voient en cachette, pensant être continuellement surveillés. Lorsqu'un ami de Mulder l'envoie chercher au Vénézuela des preuves de l'existence des extra-terrestres, l'agent reprend goût à la vie. Peu à peu, Mulder et Scully se mettent à retravailler ensemble et doivent faire face à des enquêtes dans lesquelles...
Alors que Mulder est considéré comme étant mort, Scully est mise à pied par le bureau pour désobéissance à sa hiérarchie. La tribu Navajo retrouve Mulder enseveli sous des pierres et va tenter de le sauver. De son côté, Scully découvre qu'elle avait un implant métallique dans la nuque. Une fois les deux agents réunis, ils poursuivent leurs enquêtes toutes plus surprenantes les unes que les autres. Lors de certaines investigations, le complot gouvernemental destiné à cacher l'existence des...
Toujours en quête de vérité, Mulder poursuit ses investigations dans le domaine du paranormal et tente d'en savoir plus sur l'enlèvement de sa sœur Samantha. Les enquêtes qu'on lui propose ne seront pas de tout repos pour lui et sa collègue Dana Scully. Cette dernière voit son cancer progresser mais elle refuse de se laisser aller et désire continuer son travail au FBI. La maladie de Scully affecte également beaucoup le directeur adjoint Skinner qui n'hésitera pas à faire un pacte avec l'...
Dana Scully annonce la mort de l'agent Fox Mulder à la commission du F.B.I. puis se fait hospitalisée car son cancer progresse. Ce mensonge doit servir à donner plus de temps à Mulder, qui tente de trouver un remède face à la maladie de son amie. L'aide viendra étrangement de l'homme à la cigarette. Une fois la supercherie dévoilée et Scully sauvée, les deux agents reprennent les affaires non classées en main. Certaines affaires vont profondément affectées l'agent Scully dans son être le...
