Vous incarnez Ajay, jeune homme né au Kyrat et qui a été contraint par son père, leader d'un mouvement de résistance, de quitter le pays avec sa mère pour aller vivre aux Etats-Unis. Votre mère étant décédé, vous revenez au Kyrat des années plus tard afin de déposer les cendres de cette dernière dans son pays d'origine, selon ses volonté. A peine arrivé, vous allez faire connaissance avec Pagan Min, cruel tyran qui dirige le Kyrat d'une main de fer et sème la terreur avec ses troupes armée....

Alors qu'il survole l'Himalaya, Ajay Ghale est victime d'un crash qui le laisse sans aucune armes. Voulant retrouver le pilote, il décide d'explorer cette région inconnue et découvre qu'elle est régentée par les membres de la secte de Yalung. Ces derniers semblent chercher une antique relique. Malheureusement pour Ajay, ce ne sera pas la seule menace qui rôde en ces lieux inhospitaliers...

La ville de Hope County, située dans le Montana, est en proie au chaos depuis que le leader fanatique d'une secte baptisée Eden's Gate y a élu domicile. Le gourou Joseph Seed, secondé par John Seed, Jacod Seed et Faith Seed, a en effet pris le contrôle de nombreux habitants d'Hope County afin de les faire revenir dans le droit chemin et de préparer l'effondrement du monde. Lors d'une mission fédérale destinée à interpeller Joseph Seed, les choses tournent mal et vous, simple agent au service...